Могу предположить, что Вы вручную специально настроили Яндекс через POP3.
Вот не надо этого делать
POP3 сервер Яндекса отдаёт сообщения не по порядку. Зачем они так делают я уже не помню (мне объясняли), но сам факт имеется.
Решение: удалить учётку из программы, и добавить заново без изменения IMAP на POP3.
Последствия: получите доступ к папкам, синхронизацию "прочтено или нет, помечено звездочкой", пуш-почту (если включите).
Но может вылезти: если также используете какие-то программы через POP3, то сообщения на сервере, а затем и в Акве, будет "сами" помечаться как прочтённые. Решение - использовать IMAP везде.