Нет, извините, режим ночи / выходных в настоящее время может отключать проверку почты, но не может менять интервал проверки.
Кстати, если пользуетесь программой Tasker, то настройки проверки почты можно менять оттуда, хоть по выходным, хоть по приходу домой, и вообще как угодно (интеграция с Таскером встроена в Акву).