А второе письмо вообще отображается в программе? Как непрочтенное? Оно случайно не очень старое?
Спрашиваю т.к. программа при проверке почты обовляет состояние ограниченного кол-ва сообщений. Это настройка "сообщений на странице" в "доп. настройках" учетной записи. По умолчанию - 25, как в K9 и встроенной почте.