Умная Папка никогда и никак не "синхронизируется между устройствами" - это просто особое отображение сообщений которые загружены в "обыкновненные" папки.
Подозреваю, что либо у Вас что-то с "обычными" папками, или сбили настройки Умной Папки (то есть что именно там показывать), это настройки - умная папка, обратите внимание на "период времени".
Более подробно про Умную Папку написано в ЧаВо.