Вообще-то именно так и должно работать, то есть помечаться как прочитанные.
Вы случайно не через POP3 настроили Gmail? В POP3 нет обратного обмена данными, от почтовой программы на сервер, и вообще не рекомендуется, особенно с Gmail.
Попробуйте удалить учётку из программы и добавить заново, первый пункт при выборе типа учётной записи как раз "Gmail / Google Apps", и он использует IMAP.