Re: по message-id и прочим тагам
Вот именно по Message-ID, References и In-Reply-To, то есть стандартным служебным заголовкам
Re: чуть ли не по сабжам
Сообщения без указанных выше заголовков, даже если у них один отправитель и тема, НЕ объединяются.
Выставлять "указанные" выше заголовки - обязанность "другой стороны", то есть программы "откуда" Вам отвечают.
И ещё насчёт тем (сабжей):
Даже если заголовки присутствуют, то письма не будут "связаны" если у них разная тема (за вычетом всяких Re: Fwd: и т.п.).
Сделано намерено, т.к. довольно часто люди вместо нового письма кому-либо, находят старое письмо, нажимают "ответ" и меняют тему (сабж). С технической стороны, это письмо будет продолжением цепочки - но людьми так не воспринимается.
Gmail, Hotmail, возможно и другие - делают точно так же.
Но это можно отключить в настройках - цепочки, тогда программа будет полагаться только на заголовки, и будет объединять письма даже при изменении темы (сабжа).