Я думаю что в письме "кривые" или вообще отсутствующие заголовки которые указывают кодировки.
У нас в программе есть "эвристика" чтобы пытаться угадать, но она не в точности такая как в Gmail - где-то лучше, где-то хуже. Гарантий в таком деле быть не может - если заголовков нет, то "точную" информацию брать неоткуда.
Но можем посмотреть - если Вы перешлёте письмо в виде .eml вложения или "сохраните оригинал" в веб-почте Gmail, в общем нужно всё письмо целиком, и заголовки, и текст. Адрес поддержки - support / собака / aqua-mail / точка com.
