А зачем его отмечать?
У папки Спам не показываются счётчики непрочитанных, и уведомлений она не вызывает.
Только нужно указать программе, что это именно папка со спамом.
Длинное нажатие на учётной записи -- доп. настройки -- папки. Нажать на Спам, выбрать "Загружать как Спам" или "Спам, не загружать" (главное чтобы не "Загружать как обычную папку").
Заодно в меню (список сообщений, отображение сообщений) появятся команды пермещения в Спам.