Могу предположить, что Вы настроили учетные записи по протоколу POP3, который вообще не имеет синхронизации состояния прочтения.
В программу заложена автоматичекая настройка, и для Yandex и для Mail.ru через более современный IMAP.
Проверить:
Длинное нажатие на учетной записи -- доп. настройки и папки -- увидите либо настройки IMAP либо настройки POP3.
Если POP3, то советую удалить учетную запись из программы и добавить заново, без покручивания настроек серверов и т.п.
Будет IMAP.