Имеется в виду что самые новые письма "отстают"?
Такое может быть если учетная запись настроена как IMAP и Вы часто и много перемещаете письма между папками (скажем, в веб-почте или другой программе).
См. ЧаВо, пункт про даты сообщений. Нужно просто включить определенную настройку.
Если это Яндекс и POP3 -- то удалите учетку и добавьте заново как IMAP, т.к. POP3 сервер Яндекса любит тасовать сообщения, то есть они идут не по дате.
