Это не недуг, а работает как задумано.
Настройка срабатывает только с "локальными" папками, обычно это POP3 -- где сообщения не удаляются с сервера пока не очистить папку Удаленные (которая "локальная", то есть только на устройстве).
Если Удаленные синхронизируются с сервером -- то и без вот такого удаления, сообщения уже перемещаются в папке на сервере, и не будут мешать (скажем, не покажуются в других почтовых программах).
А вот удалять все сообщения, в которые, возможно, перемещали сообщения и другие программы (скажем, на большом компьютере) -- мне кажется слишком. А если пользователь что-то там удалил (то есть переместил в Удаленные), и захочет отмотать назад?
Другими словами, мне кажется неправильным чтобы программа "хозяйничала" в папках, где могут кроме нее работать другие программы.
