Здравствуйте,
может недостаточно поискал на форуме, но у меня такая проблема. Заметил, что если на почтовом ящике (пр. yandex или gmail) включены фильтры по входящим сообщениям, при работе которых сообщения автоматически переходят сразу в определенные папки, то в программе эти письма не появляются и не отображаются в дальнейшем тоже.
AquaMail Pro 1.5.0.19
Android 4.1.2