Ну я не телепат, простите.
Во-первых, проверьте версию программы. Сейчас текущая 1.4.0.53 и 1.5.0 "в процессе".
Во-вторых, пожалуйста отладочный лог с "записью данных сессии", и в логе - процесс обновления списка папок. Также укажите какие папки не подтянулись. Про логирование - см. ниже.